为了规范保健食品产业的发展，1996年6月1日，卫生部实施《保健食品管理办法》，1997年5月1日，国家技术监督局实施《保健(功能)食品通用标准》，提高了保健食品企业的进入门槛和技术要求。面对新的管理体制，企业由于没有充分的心理准备，致使产品开发、销售一度大受影响，不少不合格的保健食品企业被淘汰出局，仅剩下1000家左右的生产厂家和总共100亿元的年产值，其中60%左右是中小型企业。
1998年初～2000年
底是我国保健食品全面发展阶段。1997年中国政府成功应对金融风暴的冲击，中国经济继续保持强劲增长，人们对保健食品的需求相应地也保持着快速增长。从1998年开始，保健食品行业逐渐走出低谷期，逐步进入了新一轮发展期。到2000年，全国保健食品生产厂家数量恢复到3000多家，年产值超过500亿元，企业数量和年产值都达到了历史最高点。1999年7月，健特生物在上海成立，开发出著名的脑白金，年底实现销售收入2.5亿元。2000年脑白金销售收入8.01亿元，位居全国同行前列。2000年前10个月，太太集团的太太口服液和静心口服液的销售额分别达到2.7亿元和1.3亿元。
2001年脑白金仅1月份单品销量就高达2个多亿元，创下了中国保健食品行业单品单月的销售新纪录，同年前6个月实现产值4.1亿元，利润1.05亿元。2001年6月，太太药业在上海交易所上市，成为中国第一个保健食品上市企业。2001年7月，交大昂立也在上交所上市。
从3000多家保健食品企业的情况来看，投资总额在1亿元以上的大型企业占1.45%；投资总额在5000万元~1亿元的中型企业占38%；投资在100万元~5000万元的企业占6.66%；投资在10万元~100万元的小型企业占41.39%；投资不足10万元的作坊式企业占12.5%。
2001年至今是我国保健食品行业进入标准和规范化阶段。在行业迅速发展的同时，一些企业对保健食品的功能过分渲染，使消费者对保健食品寄予了过高的希望，个别企业甚至使用不合格、不规范乃至夸大其词的宣传方式促销，给消费者造成了“保健食品等同于药品”、“保健食品可以治疗百病”等错误概念。
政府部门从20世纪90年代末期开展了一系列清理整顿工作，强化了保健食品宣传规范，同时，媒体对一系列恶性事件进行了强有力的舆论监督。经过全国整顿和规范市场经济秩序活动的开展，2001年中国保健品产业又经历了一次大洗牌。那些产品质量好、营销渠道畅的企业，获得了快速增长。随着加入WTO各项协议的逐步兑现，安利、宝洁、如新等外资保健食品巨头进入中国，并迅速占领了比较大的市场份额。近5年来，国外品牌的保健食品在中国市场上的销量以平均每年12%以上的速度增长。
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